برآورد صحت انتخاب ژنومی در جوامع کوچک ژنتیکی- مطالعه شبیه‌سازی
نویسندگان
چکیده مقاله:
In the present study two genetically connected small and large populations were simulated and the effect of different sources of information from foreign populations on the accuracy of predicted genomic breeding values of young animals of the small population was investigated. A large population consist of 200000 animals over 15 generations and a small population consist of 5000 animals over 3 generations were generated with QMSim simulation software in a such way that the small population was connected to the large one. Three scenarios were defined for estimating the accuracy of genomic evaluations based on various sources of available information. In the first scenario, the accuracy of genomic breeding values was estimated based on the genomic breeding values of individuals in the small population. In the second scenario, the accuracy of genomic breeding values of animals was estimated using the information of individuals in the small population accompanied with the genomic breeding values of male individuals from the large population. In the third scenario, phenotypic, genotypic and pedigree data of individuals from the large population were integrated to estimate the genomic breeding values of individuals in the small population. The averages for accuracy of estimated genomic breeding values were 0.34, 0.40 and 0.50 under the first, second and third defined scenarios, respectively. Furthermore, the averages for regression coefficient of prediction for genomic breeding values were 0.73, 0.83 and 0.93 under the first, second and third defined scenarios, respectively. The obtained results revealed that the integration of phenotypic, genotypic and pedigree information of both large and small populations had the most advantage for estimating the genomic breeding values of selected candidates in the small populations.
منابع مشابه
صحت انتخاب ژنومی روش‌های پارامتری و ناپارامتری با معماری‌های ژنتیکی افزایشی و غالبیت
In most genomic prediction studies only additive effects will be used in models for estimating genomic breeding values (GEBV). However, dominance genetic effects are an important source of variation for complex traits, considering them into account may improve the accuracy of GEBV. In the present study, performed applying simulated data, the effect of different heritability values (0.1...
متن کاملمقایسه پاسخ به انتخاب، میزان ضریب درون‌زادآوری و واریانس ژنتیکی در روش‌های انتخاب ژنومی و رایج
به منظور بررسی اثر انتخاب ژنومی و رایج بر پاسخ به انتخاب، ضریب درون‌زادآوری و واریانس ژنتیکی در بلندمدت، تعداد 100 حیوان غیرخویشاوند شبیه‌سازی شد و به مدت 50 نسل جهت ایجاد عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها آمیزش تصادفی داشتند. برای هرحیوان ژنومی با طول 10مورگان و تعداد 10 کروموزوم باطول یکسان 1 مورگان، شبیه‌سازی شد. تعداد 1000 نشانگر SNP درفواصل مساوی برروی هرکروموزوم قرار گرفتند. برای هر حیوان د...
متن کاملصحت روش‌های مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور همزمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
متن کاملتاثیر وراثت پذیری و تعداد جایگاه صفات کمی بر میزان صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی
در مقایسه با روش های اصلاح سنتی، استفاده از اطلاعات ژنومی باعث افزایش قابل ملاحظه ای در پاسخ به انتخاب برای حیوانات جوان فاقد رکورد فنوتیپی می شود. انتخاب ژنومیک بر انتخاب بر پایه ارزش اصلاحی برآورد شده ژنومی استوار است. هدف پژوهش حاضر بررسی تاثیر وراثت پذیری صفت و تعداد جایگاه صفات کمی بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی بوده است. به این منظور طراحی ژنوم و جمعیت مورد نیاز از طریق شبیه سازی رای...
متن کاملانتخاب ژنومی
در دهه های اخیر همزمان با پیشرفت ژنتیک ملکولی تحقیقات زیادی برای شناسایی ژنها و یا قطعات کروموزومی موثر بر صفات مهم اقتصادی در حیوانات اهلی انجام شده است. علیرغم پژوهش های متعددی که در ارتباط با انتخاب به کمک نشانگر (mas) انجام شد، به دلیل محدودیت های این روش کاربرد های آن محدود و افزایش پیشرفت ژنتیکی کم بوده است. با تکمیل موفقیت آمیز توالی یابی ژنوم انسان و پیشرفت های عظیم در تکنولوژی ژنوتیپ ک...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 9 شماره 20
صفحات 123- 128
تاریخ انتشار 2018-10
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023